V takejto situácii je potrebné úplné čistenie systému. Ak sa čistenie vykoná dôkladne, pravdepodobnosť návratu mikroorganizmov sa minimalizuje.
1. Úplne vyprázdnite a vyberte palivovú nádrž.
Vypustené palivo sa nesmie znovu použiť. Dôkladne ju umyte, nádrž vypláchnite zvnútra čistou motorovou naftou.
2. Pomocou baterky skontrolujte, či sú vnútorné steny nádrže úplne čisté. Ak sa vám nepodarí úplne odstrániť všetky usadeniny prepláchnutím, použite čistenie parou – po dosiahnutí uspokojivého výsledku znova prepláchnite nádrž čistou motorovou naftou.
3. Odpojte prívodné a spätné vedenie paliva od vysokotlakového palivového čerpadla, vyberte palivový filter a prepláchnite palivové vedenie čistým palivom.
4. Vymeňte palivový filter, znova nainštalujte nádrž, znova pripojte palivové potrubia k ich pôvodným prípojkám a naplňte nádrž čistou motorovou naftou. Odstráňte vzduch zo systému (pozrite si časť Odstránenie vzduchu z palivového systému dieselového motora). V prvej fáze prevádzky vozidla sa uistite, že systém napájania je plne funkčný.
Produkty korózie spravidla nevstupujú do vysokotlakového palivového čerpadla, ale sú zadržané vo vnútri palivového filtra. Ak však existuje podozrenie, že je čerpadlo kontaminované, je potrebné ho tiež dôkladne vyčistiť. Nepokúšajte sa tento postup vykonávať sami – zverte ho do rúk špecialistov autoservisu.
Vlhkosť prítomná v atmosférickom vzduchu môže kondenzovať na stenách palivovej nádrže, odkiaľ preniká do traktu palivového systému. Nádrže na skladovanie naftového paliva (vrátane veľkých nádrží a palivových nádrží vozidiel) sú náchylnejšie na tvorbu vlhkosti ako zásobníky na benzín, pretože tlak pár týchto zásobníkov je výrazne vyšší. Aby ste minimalizovali množstvo kondenzácie v palive, udržujte nádrž vždy plnú a snažte sa vyhnúť dlhým obdobiam nečinnosti vozidla.
V predajniach autodoplnkov si vždy môžete kúpiť špeciálne prísady, ktoré zabraňujú výskytu mikroorganizmov. Výrobcovia vysokokvalitného paliva sami pridávajú takéto prísady do motorovej nafty.
Ak v palive zaznamenáte známky vývoja mikroorganizmov, upozornite na to majiteľa čerpacej stanice, na ktorej ste pravidelným zákazníkom a aspoň na nejaký čas využite služby inej čerpacej stanice.

Komentáre návštevníkov